Theo Kế hoạch, Bộ KH&CN sẽ tiếp tục đẩy mạnh triển khai thực hiện chương trình CCHC nhà nước giai đoạn 2011-2020 và Kế hoạch CCHC giai đoạn 2016-2020 của Thủ tướng Chính phủ. Kế hoạch hướng đến mục tiêu tiếp tục xây dựng, hoàn thiện hệ thống VBQPPL theo hướng minh bạch, tạo điều kiện thuận lợi nhất cho tổ chức, cá nhân hoạt động trong lĩnh vực KH&CN, phù hợp với thông lệ quốc tế và cam kết của Việt Nam; tiếp tục đẩy mạnh cải cách thủ tục hành chính (TTHC) theo hướng đơn giản, dễ tiếp cận và dễ thực hiện nhằm tạo sự bình đẳng, thông thoáng, thuận lợi, minh bạch hướng tới nền hành chính phục vụ tổ chức, cá nhân góp phần cải thiện môi trường kinh doanh, nâng cao năng lực cạnh tranh quốc gia; cải cách TTHC giữa các đơn vị thuộc Bộ và trong nội bộ từng đơn vị thuộc Bộ;

Kiện toàn hệ thống tổ chức bộ máy của Bộ; tiếp tục đổi mới cơ chế tài chính cho hoạt KH&CN và cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm của các tổ chức KH&CN công lập; tiếp tục nghiên cứu, đổi mới, quản lý và triển khai thực hiện có hiệu quả Hệ thống quản lý chất lượng theo tiêu chuẩn quốc gia TCVN ISO 9001:2008 vào hoạt động của các cơ quan, tổ chức thuộc hệ thống hành chính nhà nước; đẩy mạnh ứng dụng công nghệ thông tin trong quản lý, chỉ đạo điều hành, triển khai dịch vụ công trực tuyến mức độ cao;...